一組：防疫保健(分機202~210)
1.綜理防疫保健業務、研究發展、學生學習
2.癌症防治(子宮頸癌、乳癌、口腔癌、結直腸癌)
3.兒童健康(含預防注射、疫苗管理、兒童發展篩檢、斜弱視檢)、婦女健康(營造母嬰親善哺乳環境、婦女友善醫療、兩性教育衛教宣導、人口政策、新(原)住民、優生保健、未成年懷孕個案管理、精智障生育管理)
4.各種傳染病(登革熱、TB除外)、性病業務、愛滋病防治業務、防疫物資管理、心理衛生及自殺防治
5.中老年防治(含老人成人流感)、長期照護業務、健康老化業務(含關懷據點)
6.TB防治業務(含癩病)、關懷員管理
7.登革熱防治業務、公服人員管理
8.衛生教育宣導、菸害防治、社區營造、志工管理、致胖環境及健康促進業務
二組：衛生行政(分機211~213)
1.醫政業務、營業衛生管理、資訊管理
2.藥政業務、職場健康促進
3.食品衛生管理業務、職業衛生管理
總務組：一般事務管理(分機301~305)
1.總務及採購業務、辦公廳舍管理、物品及財產管理、出納及預算經費編列、職工管理
2.收發文業務、檔案管理、行政相驗、兼辦政風
3.環境清潔、檢體運送